男性不育常见病因有两种――生殖构造影响射精能力和精子本身存在问题――后者更常见。男性生育研究相对要晚于女性方面，但是，现代医学对男性生育的了解已日趋完善，尤其是精子的重要作用。
精子问题
精子是非常脆弱的细胞。它们耗时7周成熟，但在生长过程中极易受外界影响而发生变化。因此，不同时间提取的精子样本，其质量和数量区别会很大。
睾丸功能障碍 导致睾丸功能障碍的病因较难预料，可能是染色体问题（如克氏综合征，即患者体内有两条或多条X染色体，而不是一条染色体），可能是睾丸先天悬吊、睾丸受到外创，甚或青春期腮腺炎而继发睾丸炎。
解剖学因素
射精
约有1%的男性在性高潮时无射精，病因是逆行射精（“干性射精”），即精液被逆向射入膀胱，而不是向前进入阴茎。
阴襄
可能是睾丸鞘膜积液（具润滑作用的液体过量积累在睾丸内）或精索静脉曲张（阴囊和两侧睾丸静脉胀大）。这两种病因都会提升睾丸内温度，从而阻碍精子生产。
输精管堵塞
两条输精管（睾丸到精囊的通道；睾丸生产精子，精囊储存精子）中的一条或两条全部堵塞，精子难以或无法从睾丸中出来。输精管堵塞也许是先天的，也许受后天感染（比如淋病）。
睾丸功能障碍
无精或少精。睾丸功能障碍的临床表现极少属于无精。如果睾丸功能完全丧失，与卵巢功能完全丧失一样，都无药可救。尽管如此，此疾病往往只出现在一只睾丸内。
精子数量少 精子数量少和不孕不育没有绝对关系。许多精子数量少的男性也能生育孩子，只是受孕过程会久一点。精子畸形率高或活力不足的男性才是真正的不幸，病因可能属于激素、解剖学、免疫学或物理环境等方面。
免疫性不育
人体内都有抗精子抗体阻碍顺利受精，男性尤为困扰。因为男性的抗精子抗体在精液（触及精子表面）和血液中；女性的抗精子抗体在宫颈黏液和血液中，精子无论在哪里都会遇到抗精子抗体。
不孕不育临床治疗发现，抗精子抗体病因占5～10%，不过有2%的爸爸也曾受到抗精子抗体困扰。
抗体如何影响生育 最头疼的是，抗精子抗体接触精子表面改变精子移动方式、着床子宫壁能力和使卵子受精能力。抗精子抗体也会影响精子头部顶体释放，顶体内的顶体酶是刺穿卵子的关键物质。
治疗抗体性不育 抗精子抗体接触精子表面，会干扰体外受精（IVF）和其他辅助生育技术（ART）顺利进行；抗精子抗体也会抑制精子活动，甚而消灭精子。然而，抗精子抗体化验呈阳性并不等于该男性无法生育。专家建议，抗精子抗体治疗难度高、副作用大，只有在必要时作为实验性治疗尝试，所以，抗精子抗体测试应在所有检查完毕仍不明病因时才需进行。
